莫斯科工程物理学院成立于1942年,是俄罗斯最著名的技术大学之一,当时名为莫斯科弹药机械研究所,于1943年1月1日才开始授课。在1953年时学校更名为莫斯科工程物理学院,1993年学校改名为莫斯科国立工程物理学院,自2003年以来改为莫斯科工程物理研究所(国立大学),2008年学校又被改为国立核能研究大学-莫斯科工程物理学院。