长崎大学作为日本历史最悠久的公立医学校，医学部前身长崎医科大学在1945年8月9日受到原子弹轰炸。1949年建校，位于长崎县长崎市的日本国立大学、引旧六所医科官立大学之一。1949年由长崎医科大学、长崎医科大学附属药学专门部、长崎经济专门学校(二战前为长崎高等商业学校)、长崎师范学校、长崎青年师范学校、引长崎高等学校合并而成。其时日本历史最悠久的公立医学校。其校友包括了2008年诺贝尔化学奖得主下村修。
